Java wird für das Datenbankmodul an verschiedenen Stellen benötigt. Solange Du keine Datenbank verwendest brauchst Du Java nicht zu aktivieren. Dabei handelt es sich aber um eine ganz normale Programmiersprache und kein gefährliches Einfallstor.
Java und JavaScript sind aber etwas völlig anderes. Mit JavaScript könntest Du (in begrenztem Umfang) etwas im Makrobereich anfangen. Dazu musst Du aber zuerst die Sicherheitsstufe von LibreOffice herabsetzen, um überhaupt die Ausführung von Makros zu gestatten.
Open Source ist natürlich gefährlich - für Closed Source, weil die Verdienstspanne sinkt und die Möglichkeit geringer ist, da irgendetwas einzubauen, was irgendwelchen Blödsinn macht, nach Hause telefoniert oder anderes. Bei Open Source würde das schneller auffallen und aus dem Code herausgenommen.