Wenn schon alles in einer Datei ist, dann würde ich zunächst am PC die Überschriften der Kapitel und Unterkapitel korrekt als Überschriften formatieren. Dann kannst du durch Datei > Senden > Globaldokument die Kapitel in einzelne Dateien auslagern und diese dann separat behandeln. Über das Globaldokument erhältst du weiterhin das ganze Dokument und kannst es später auch wieder als eine Datei exportieren. (Tipp: Du kannst zum Aufteilen auch dummy-Überschriften einfügen und später löschen.)
Wenn die Seiten des Buches als einzelne Dateien vorliegen, dann kannst du mit OCR auch einzelne kleine Textdateien herstellen und diese dann nach der Korrektur jeweils in das eigentliche Zieldokument einfügen. Das geht mit Einfügen > Datei oder mit simples Copy&Paste.