Como referencia (este tema tiene unos añetes y LibO usa ahora su propio sistema de reporte de errores):
Bug 38187 - BUG : When exporting .odt to .pdf: there is no hyperlink between main text and endnote, missing both ways
Y sí, sigue «roto» para las notas al final.
Una reflexión: La segunda parte del reporte habla de «volver» de la nota al ancla de la misma en el PDF, pero esto no creo que llegue a implementarse nunca. De hecho, los PDF creados con LaTeX o derivados funcionan de la misma forma: se puede ir del ancla a la nota, pero no de la nota al ancla. La razón creo que tiene que ver con cómo se manejan las referencias cruzadas en los PDF. Y es que a una nota podemos tener no solo la referencia del ancla de la misma, sino también distintas referencias cruzadas, ¿a cuál deberíamos «volver»? Internamente Writer maneja de forma distinta las anclas a las notas que las referencias cruzadas, pero no estoy tan seguro que la diferencia sea tan clara en un PDF.
¿y por que no lo pruebas?, puedes encontrar las versiones en desarrollo en http://dev-builds.libreoffice.org/daily/