draw（バージョンは5.0.4；windows10の64bit版）で地図を作製しています。リンク先のような作業です。
ファイル->エクスポートでpngファイルをエクスポートしていますが、すべてのレイヤーが重なった状態の画像がエクスポートされます。
「見えない状態」のレイヤーは除いて画像化してほしいのですが、何か良い方法はないですか。それともバグで、待っていれば修正される問題でしょうか。
なるほど…。手元でも再現しました（5.3.3.2 /w Win8.2 32bit）。「印刷可能」のチェックを外してもダメですね。
Drawのレイヤー機能は今のところ実用に耐える仕上がりではなく思えていて、私自身はまだあまり使わないようにしているので気が付きませんでした。
オプション設定などでもそれらしい設定項目は見つけられていません。バグ…と言っていいかもしれませんね…。
残念ながらバグは待っていても修正されません。
開発陣がそのバグを知らないからです。
修正を期待するにはまず、開発陣にバグのことを報告する必要があります（バグレポート）。
バグレポートは誰か特定の人がやるのではなく、全てのユーザーが自ら行うことが出来ます。またそうすることが期待されています。
バグレポートの詳しい方法はここでは差し控えますが、オフィシャルHPやオフィシャルWikiの情報、またメーリングリストなど国内のユーザーコミュニティーに参加したりしながら少しずつ挑戦していくことが出来ると思います。英語で報告する必要があるので下々の日本人には少し辛いところはあるのですが（苦笑）。
レイヤーの代用として、「グループ化」の活用が個人的にはオススメです。
マウスのダブルクリックでグループ内に入って編集できるので、手間はあまり増えません。
エキスポート時に不要なグループだけ一時的に削除するようなことで、代用とならないでしょうか。
バグレポそのものは2012年の段階ですでに存在する模様
Bug 53864 - Export ignores layer options ‘printable’ and ‘visible’
https://bugs.documentfoundation.org/show_bug.cgi?id=53864
画面を画像として取り込めば、解決します。
１）画像ソフトを使う
画像ソフトで画面上の任意の範囲を画像として取り込む。
画像ファイルとして、書き出す。
２）PrintScreenボタンを使う
PrintScreenボタンで画面全体をコピーして、windows添付の画像ソフトで必要部分を切り出し、ファィル化する。
これで一応要件は満たしますが、解像度の問題があります。
地図のような細かい物で十分な解像度が得られるかですね。