Para que el tamaño del número de cada cita en el pie de página coincida con el tamaño del texto de la nota, puedes intentar modificar el estilo de carácter asociado a esos números, que por defecto trae Writer.
Algo así como:
Comienza presionando la tecla F11, se tendría que abrir un panel a la derecha de la pantalla.
En el panel a la derecha, presionando el icono con la letra A de estilos, aparecen iconos en la parte superior del panel, en el presionando la letra A de estilos de carácter aparece el menú correspondiente en el panel.
Busca en la lista el estilo Caracteres de nota al pie, haciendo clic derecho en esta opción, debe aparecer un submenu con opciones, selecciona editar estilo, se debe abrir una ventana de configuración de estilo.
En el cuadro emergente busca la pestaña de Tipo de letra y tendrás las opciones de fuente donde podrás determinar el valor numérico al tamaño de la fuente que elijas.
Acepta para guardar los cambios.
Esto es posible en Libreoffice 25.2.4.3 instalado desde los paquetes de los desarrolladores y ejecutado en MX Linux 23.6, puede que varie en algo según el sistema operativo y la versión de Libreoffice