saveすると、将来（未来）の時間のタイムスタンプがつきます。ファイル管理に大変困りますが、
どこで変更したらよいでしょうか。
LibreOffice初心者です。よろしくお願いします。
一般論としては、個別アプリケーションソフトの挙動としてはちょっと考えにくいように思えます。私自身そういう現象に遭遇したことはないですし、寡聞ながらこれまで似た話を耳にしたこともありません。ご質問の文面では現象確認は難しく思え、追加の情報が欲しいところです。
まずはOS（パソコン環境）の時計が合っていることが前提となるでしょう。初歩的な話で恐縮ながら、それが確認できているかどうかを添えていただくのがスタートラインかと思います。
その上で、ご利用のOS（種類とバージョン）、保存先の概要（内蔵ドライブだとか、クラウドだとか…）、LibreOfficeのバージョン、Writer,Calc,Drawや他ソフトでの状況などの情報があると、助言をもらいやすいかも知れません。
ご検討下さい。
個人的には日本標準時かどうか、あたりも気になる。何時間くらいずれているのか
おっしゃる通りにOSのレベルの話のように思えますよね。Impress でsaveした後でPDFを作成すると、それは正しい時間になっていたりします。ウイルスでしょうか・・・。削除してしまい、正確に何時間何分将来になるのか把握していませんでしたので、これから気を付けてみます。