Si se hace el cambio manual en Herramientas/personalizar, no guarda los cambios después de cerrar el programa.
¿Por favor, que versión de LibreOffice y que sistema operativo?
A mi también me gustaría poder cambiar las teclas rápidas por la versión estándar… nunca he entendido porque esta aplicación en esto copió a microsoft, siempre lo he visto como una broma de mal gusto que Libreoffice no tenga de un modo sencillo la posibilidad de poner las teclas rápidas como en la versión en inglés, donde Ctrl+A selecciona todo y Ctrl+S guarda.
Usen la versión en inglés.