Cuando vuelvo a iniciar un archivo de Writer ...

…todas las imágenes que había pegado aparecen movidas a la primera página y las referencias cruzadas, los hiperenlaces y los marcadores creados dejan de funcionar. Utilizo la versión portable.

¿Que formato de archivo usas?

Word 2007 - 365 (.docx)

Tienes que usar ODT. La compatibilidad con Microsoft Word nunca será 100%.

Tampoco me funciona en .odt

En las ultimas versiones de Libreoffice se ha mejorado mucho la compatibilidad, lo ideal es que descargues la ultima versión.