Supongo que los párrafos que no quieras tener en el pdf, tampoco los querrás tener en el documento de writer, no? Te doy un par de opciones por si alguna te sirve.
Opción 1: Dejar el contenido en la plantilla y eliminar para cada nuevo archivo, los párrafos que no necesites. Al guardar una plantilla también se guarda el contenido que tengas escrito en ella, por lo tanto, puedes crear la plantilla con todos los párrafos y al empezar un nuevo documento, eliminar aquellos que no necesites para ese documento.
Opción 2: Utilizar texto automático. Puedes crear documentos enteros (párrafos, listas, tablas,…) y añadirlos a Writer como textos automáticos. Así podrás incluirlos en otro documento con una simple combinación de teclas. Para ello, crea cada uno de los párrafos en un documento auxiliar diferente y desde cada uno de estos documentos accede al menú de Textos automáticos mediante Ctrl+F3 (también puedes desde el menú Herramientas/Texto automático…). Entonces puedes elegir una categoría y añadir el texto de ese documento a los textos automáticos de Writer con un atajo a tu elección. Para generar uno de estos textos automáticos en un documento deberás escribir el atajo correspondiente y pulsar F3.
Si no te sirve ninguna de estas opciones, concreta un poco más lo que deseas para poder darte alguna opción, siempre que sea posible.