なるほどねぇ…。
デフォルトが結合・保持・削除のどれがいいかは、悩ましいかも知れないですね…。「セルの結合」機能を利用する個々人の日常的な使い方や好みの問題になりそう。とりあえず注意喚起のダイアログが表示されてくれている分には許容範囲かなぁ…、というくらいの感覚ですが、削除の方が安全サイドでベターかもという点には同意します。
それよりも、himajin100000さんがリンクを張ったコピーの件の方が、私には少々気がかりです。
リンク先で紹介されている「数式」としての貼り付けは、Calcでは「数式のみ貼り付け」で、警告ダイアログが出る上、貼り付けられるのは空データ(空欄)になるようなので、安全サイドの動作になっていそうです。
ですが一方で結合セルに複数セルの数値を「数値のみ貼り付け」でコピーする場合は、警告ダイアログは表示されますが、結合は維持されたまま、隠れたセルに値が貼り付けられてしまうようで、やはり合計などに影響します(単独セルのコピーは大丈夫っぽい)。当たり前といえば当たり前ですが、見えない値を生み出してしまうという点では同様の問題をはらんでいそうです。警告ダイアログも一度チェックを外してしまうと出なくなるので、やや危険ではあるかも知れません。無料のMS Office.comのExcelでは、セルのサイズが違うといって、そのような貼り付けはさせてもらえませんでした。
一度隠れセルに値が貼り付いちゃうと認知や手当にコツが必要ではあって、致命的とは思いませんが、いずれも多少スキルを求める感じではありますかね。